La terapia comienza por ayudar al sujeto en conflicto a poner fin al grado de sufrimiento que pueda padecer. Posteriormente y, una vez restablecido un cierto nivel de equilibrio emocional, el terapeuta transpersonal guía en el proceso de apertura de sus dimensiones interiores y, para ello, el plan terapéutico puede desarrollarse en tres etapas: (Según J.Mª Doria)

1. Primera etapa: Conocimiento de la propia identidad Ego. A lo largo de esta etapa se entrena al sujeto a observar todos los matices posibles de su propio conflicto. Es decir, aprender a dirigir la mirada interior, incrementando el auto conocimiento y la consciencia de sus propios patrones mentales y emocionales. Dicho “darse cuenta” aborda los elementos psicológicos implicados que causan inquietud y en muchos casos sufrimiento. A partir de este punto, el sujeto comienza a ser capaz de asumir y aprovechar el inmenso caudal de oportunidad que su crítica “situación personal” ofrece. “Lo que más nos irrita de los demás es aquello que puede conducirnos a un mejor entendimiento de nosotros mismos”. (Carl Jung)
2. Segunda etapa: Reprogramación y relativización del propio Ego. En esta etapa el sujeto aprende a nombrar sus diferentes partes internas y proceder a recrear nuevos patrones de pensamiento de los que se derivará la vida futura de su yo personal. En esta fase, el sujeto aprende a conectarse con sus verdaderas necesidades y elegir lo que quiere vivir, constatando que lo que sucede en su mente se debe a un proceso íntimo de “interpretación de la realidad”. A partir de este punto, el sujeto por el simple hecho de devenir consciente abre un nuevo horizonte vital en cuya construcción ya puede intervenir y optar.“Lo importante no es lo que sucede sino como lo interpretamos”. (Lair Ribeiro)
3. Tercera etapa: Hacia la Esencia: A lo largo de esta etapa, el sujeto construye el puente entre su Ego o mente pensante y el nivel transpersonal o Identidad Esencial. Conforme se avanza, el sujeto se reconocer como Ser Espiritual que se manifiesta en la Conciencia Testigo. Desde este nivel, intuye la finalidad de su vida y el propósito de su propio devenir, de manera que los errores se perciben como experiencias no casuales de aprendizaje hacia el despertar de la conciencia. “No eres una criatura humana en una aventura espiritual, sino una criatura espiritual en una aventura humana”. (Theilard de Chardín)